明日之后第二季的核心剧情围绕莱文市的秘密展开，玩家需以战斗等级25级为门槛进入新地图。主策划小晨通过访谈透露，第二季将补充阿列克谢、拉扎罗夫等关键角色的背景故事，同时引入感染者技能系统——高阶感染者可使用隐身、喷毒等特殊能力，玩家被感染后同样能通过收集病毒升级变异形态。剧情任务中需注意新武器如冷兵器的获取方式仍依赖配方研究台，而护甲耐久度优化后射击消耗显著降低。
高地工厂是第二季标志性区域行动任务，分为攻入敌营、实验室探索和母体意识战三阶段。首阶段需利用卡车高点压制军团长，第二阶段跟随无敌状态的拉扎罗夫突破士兵防线并触发娜塔莎被害剧情，最终在岩石高点集火母体时需派人触发阿列克谢救援剧情。任务全程需注意重装士兵的掩体机制和BOSS的特殊伤害条件，例如医院场景中镜子道具可能是关键解谜元素。
幽灵传说作为独立剧情任务，通过秋日森林伐木工目击事件展开调查。玩家需分析丘脑信息发现先锋队编造幽灵抓捕记录的矛盾，结合摄影师提供的变异狼犬照片，最终揭露玛蒂尔达用涂染变异血液的宠物制造恐慌的真相。该任务包含四次关键对话选择，正确选项需指向幽灵是涂血大狗和玛蒂尔达为主谋才能解锁全部奖励。
归去来兮任务线以秋日森林失窃事件为起点，逐步引导玩家前往莱文市解密。任务链中包含大量环境叙事细节，如实验室破损的监控录像、残缺的实验日志等碎片化信息，需玩家自行拼凑事件全貌。部分剧情分支会影响NPC后续对话内容，但不会改变主线结局走向。完成全部任务后可解锁16庄新庄园结构，包括弧形厚墙等特殊建筑组件。
辐射高校作为季度性挑战玩法，第二季新增30-45层特殊机制。部分楼层需卡位启动电机或利用地形规避伤害，推荐配置三星典藏喷火器与雪地版突击步枪应对感染者潮。剧情层面补充了高校与科技会的关联线索，通关后可获取关于病毒起源的加密档案，这些内容与后续婚纱时装、载具系统的更新存在潜在关联性。
