八个徽章是推动剧情和强化宝可梦能力的关键道具。第一个徽章是灰色徽章，位于尼比市的岩石系道馆，馆主小刚使用小拳石和大岩蛇，战胜后可获得。第二个徽章是蓝色徽章，在华蓝市的水系道馆挑战馆主小霞，她的主力是海星星和宝石海星。第三个徽章是橙色徽章，在枯叶市的电系道馆击败馆主马志士，他的队伍包括皮卡丘和雷丘。
第四个徽章是彩虹徽章，需在彩虹市的草系道馆战胜馆主莉嘉，她的宝可梦为大食花和霸王花。第五个徽章是粉红徽章，位于浅红市的毒系道馆，馆主阿桔使用毛球和摩鲁蛾。第六个徽章是黄金徽章，在金黄市的超能力系道馆挑战娜姿，她的凯西和勇基拉会构成主要威胁。第七个徽章是深红徽章，需前往红莲岛的火系道馆击败馆主夏伯，他的鸭嘴火兽和烈焰马是核心战力。
第八个徽章是绿色徽章，作为最终挑战位于常磐市的地面系道馆，馆主坂木的主力是铁甲暴龙和尼多后。每个道馆的挑战需注意属性克制，例如水系克制火系，电系克制水系。部分道馆设有机关，如彩虹市道馆需触发隐藏开关，金黄市道馆需解答谜题。徽章不仅象征成就，还能提升对应属性宝可梦的战斗力，并允许使用特定技能如冲浪和闪光。
获取全部徽章后，玩家可进入宝可梦联盟挑战四天王。建议在挑战前充分训练宝可梦等级，并携带多样属性的队伍以应对不同道馆。游戏过程中需注意道具收集，如秘传技能学习器，这些技能是探索地图的必要工具。徽章的挑战顺序并非完全固定，但推荐按城市分布由易到难推进。
