破碎之塔的第一层主要分布着基础机械类敌人，包括银色时钟守卫和发条炸弹。银色时钟守卫会在地图固定位置生成，需要手动点击解除封印才能通过。发条炸弹则需要选择顺时针或逆时针旋转来触发引爆机制，清除路径障碍。这一层的敌人攻击模式较为单一，但数量较多，建议优先处理发条炸弹以免被围攻。
进入第二层后，敌人类型明显增强，会出现黄金时钟守卫和呼噜怪组合。黄金时钟守卫需要获得至尊黄金实锤道具后才能破坏，它们会阻挡关键路径。呼噜怪则具有特殊机制，需要先引爆发条炸弹使其眩晕，再进行背刺攻击才能有效消灭。这层还隐藏着强力精英怪呼噜老大哥，击败它后才能解锁下层通道。
第三层开始出现复合型敌人，包括会发射弹幕的机械守卫和具有护盾的空中单位。机械守卫会远程发射追踪弹幕，需要灵活走位躲避。空中单位则带有护盾保护，必须使用特定技能破盾后才能造成伤害。这层还新增了会自爆的石像鬼，虽然爆炸不会对角色造成伤害，但会破坏地形影响走位空间。
隐藏层聚集了所有层级的强化版敌人，包括黄金呼噜怪和强化发条炸弹。黄金呼噜怪需要完成音游挑战才能击败，难度较高但奖励丰厚。强化发条炸弹的爆炸范围更大，建议远程引爆。这层还设置了多个宝箱房间，需要击败守护者才能开启，守护者会使用各层敌人的组合攻击方式。
最终层boss战融合了各层敌人的特点，boss会召唤小怪助战，包括时钟守卫和呼噜怪。战斗分为多个阶段，每个阶段boss会获得新的攻击方式，需要根据提示及时切换应对策略。击败boss后可以解锁全层宝箱，建议保留关键技能用于最终战斗。
